El Departamento de Ecología y Biodiversidad (EBD) administra, coordina y cautela la calidad de las asignaturas de pregrado que imparte en toda la Universidad a un universo aproximado de 1.000 estudiantes por semestre de las carreras de Medicina Veterinaria, Ingeniería Ambiental, Ecoturismo, Biología Marina, Ingeniería en Acuicultura y los programas de Licenciatura en Biología y Bachillerato en Ciencias. Los académicos del EBD participan activamente también de las actividades del Programa de Doctorado en Medicina de la Conservación.